W 1757r. rozpoczęto budować nowy murowany kościół. Budowę podjął Stefan Garczyński, dziedzic zbąszyński. Budowa nowego kościoła trwała ponad 20 lat. Utrudniały ją zamieszki wewnętrzne i zawieruchy wojenne. Ukończył budowę Edward Garczyński, brat Stefana. Konsekracja nowego kościoła odbyła się w 1796r.przez biskupa Ignacego Raczyńskiego. Kościół inaczej wówczas wyglądał niż obecnie. Wieże były niższe, bez kopuł. Na froncie ściany północnej w niszy umieszczono figurę św. Edwarda patrona fundatora kościoła, na naszczytnikach od strony południowej umieszczono postacie św. Wawrzyńca i św. Szczepana. Istnieją one po dzień dzisiejszy. Budowniczym kościoła był Jan Handke z Leszna. W latach 1830 i 1845 nawiedziły Zbąszyń wielkie pożary, w czasie, których spłonęły rynek i ulice wiodące do Obry. W 1850r. spalił się kościół. Spłonęły wówczas wieże, stopione zostały dzwony, zapadło się sklepienie. Po tej klęsce pożaru nabożeństwa parafialne odprawiały się przez pewien czas w kościele św. Stanisława w Przyprostyni a potem w kaplicy zamkowej, obecnie nieistniejącej. Ówczesny proboszcz ksiądz Wojciech Pietraszewski opisuje w ten sposób to wydarzenie:

" Wielkie nieszczęście spotkało nasze miasto i całą parafie Zbąszyńską. Z poniedziałku na wtorek, dnia 12 marca 1850r. o godz. 1:30 w nocy pokazał się w rynku ogień, pochłonął 45 budynków, a pomiędzy tymi i nasz piękny kościół, te wspaniałe wieże, ta ozdoba miasta i całej okolicy stała się ofiara pożaru, tak, że same tylko poboczne mury zostały, bo nawet sklepienie już częściowo zapadło a reszta jeszcze zapadnie, o godz. 2:00 wieże kościoła zaczęły się palić. Ratunek dla nadzwyczaj wielkiego wiatru był niepodobny. Według wszelkiego prawdopodobieństwa niegodziwy człowiek zapalił miasto. Dzwonnica spalona, dzwony nasze piękne stopione, jesteśmy teraz bez domu Bożego, bez dzwonów - tak ręka Boska srodze nas dotknęła."

        Po pożarze przystąpiono do budowy nowych wież, których kształt barokowy zachował się po dzień dzisiejszy. Po I wojnie światowej Zbąszyń stał się pogranicznym miastem w niepodległej Polsce. W roku 1931 w Zbąszyniu odbył się, gdy proboszczem był ks. Leon Płotka, zjazd katolicki archidiecezji gnieźnińsko - poznańskiej. W zjeździe tym przewodniczył J. Em. Ks. Kardynał August Hlond Prymas Polski.

        W czasie drugiej wojny światowej nabożeństwa i kult religijny w kościele zostały ograniczone przez najeźdźców hitlerowskich. Później świątynie zbeszczeszczono zamieniając ją na magazyn. Wskutek szalejącego prześladowania religii księża zostali uwięzieni lub rozproszeni. Pod koniec wojny wskutek działań wojennych kościół uległ poważnemu zniszczeniu. Szczególnie ucierpiała wieża Zachodnia.

        Po wojnie staraniem ks. kan. dr. Jana Ściesińskiego i dzięki ofiarności wiernych zostały zabliźnione rany zadane świątyni przez zawieruchę wojenną. Kościół został odrestaurowany, w roku 1957 wnętrze otrzymało nową polichromię (twórcą art. Stanisława Szukała) na zewnątrz otrzymał nową szatę. Po dzień dzisiejszy jak przed wiekami świątynia ta służy Najwyższemu Panu jako Dom Boży i Brama Niebios.